Ацетальдегід токсичний при дії на шкіру, ірритант, канцероген.. Однак токсичність ацетальдегіду набагато нижча, ніж у формальдегіду, наприклад, тому що ацетальдегід в організмі швидко окислюється до нешкідливої оцтової кислоти. Він також є забруднювачем повітря під час горіння, куріння, в автомобільних вихлопах.
Альдегіди дратують слизові оболонки очей та верхніх дихальних шляхів, шкідливо впливають на нервову систему. Зі збільшенням числа атомів вуглецю в молекулі подразнюючу дію слабшає. Ненасичені альдегіди мають більш сильну подразнюючу дію, ніж насичені.
Оцтовий альдегід затребуваний у хімпромі для отримання оцтовий кислоти та її похідних, ацетату целюлози, синтетичного каучуку, етанолу, ацетатних волокон та тканин; лікарських засобів.
Чому виникає похмілля? Невелика шкідлива молекула ацетальдегіду утворюється при окисленні етанолу в печінці та кишечнику. Слідом ацетальдегід повинен окислюватися до оцтової кислоти і в такому вигляді вже виводитись з організму.