Згодом зазнав опалі і герой оборони Пскова І. П. Шуйський. Фактично, з 1585 року, 13 з 14 років правління Федора Іоанновича – Росією правил Борис Годунов.
Після смерті Бориса Годунова його сина Федора та дружину вбили соратники Лжедмитрія.
13 (23) квітня 1605 р. Борис Федорович Годунів за нез'ясованих обставин помер у себе у палаці Кремля. За офіційною версією, цар помер від апоплексичного удару. Він був похований у Архангельському соборі Кремля.
23 квітня 1605 року після смерті царя Бориса Годунова на російський престол вступив його син Федір. Царювання Федора Борисовича стало найкоротшим історія Росії — воно тривало 49 днів. 11 червня того ж року 16-річний цар був убитий у Кремлі прихильниками Лжедмитрія I. Федір народився Москві.