Масова частка водню у земній корі становить 1% – це десятий за поширеністю елемент. Однак його роль у природі визначається не масою, а числом атомів, частка яких серед інших елементів становить 17 % (друге місце після кисню, частка атомів якого дорівнює ~52%).
У великих кількостях він присутній у туманностях, зірках та планетах класу "газовий гігант". У Всесвіті на долю водню припадає близько 88% всіх атомів (приблизно 11% становлять атоми гелію, частка решти разом узятих елементів — менше 1%).
Серед основних газів, що його становлять, варто виділити: азот, кисень, вуглекислий газ, озон, аргон, криптон, ксенон та інші. Найбільшу частку від всього газу складає азот. Його концентрація сягає близько 78%.