Побудова комп'ютерної моделі базується на абстрагуванні від конкретної природи явищ або об'єкта-оригіналу, що вивчається, і складається з двох етапів – спочатку створення якісної, а потім і кількісної моделі.
До основних етапів комп'ютерного моделювання відносяться: постановка задачі, визначення об'єкта моделювання; розробка концептуальної моделі, виявлення основних елементів системи та елементарних актів взаємодії; формалізація, тобто перехід до математичної моделі; створення алгоритму та написання програми; …
Основними етапами моделювання є: 1) постановка задачі; 2) розробка моделі, аналіз та дослідження завдання; 3) комп'ютерний (натурний, фізичний) експеримент; 4) аналіз результатів моделювання.
У комп'ютерне моделювання виділяють: аналітичне (вивчаються абстрактні математичні моделі реального об'єкта) імітаційне (досліджуються алгоритмічні моделі, що відтворюють функціонування системи шляхом послідовного виконання великої кількості елементарних операцій).