При внутрішньовенному застосуванні оптимальна тривалість лікування становить 7-10 днів, після чого терапію продовжують пероральними антикоагулянтами (рекомендується призначати пероральні антикоагулянти, починаючи вже з 1 дня лікування гепарином натрію або з 5 по 7 день, а застосування гепарину натрію припинити на 4-5 день.
Початкова доза гепарину становить 50 МО/кг внутрішньовенно. Потім застосовуються підтримуючі дози по 15-25 МО/кг/год у вигляді внутрішньовенної інфузії, або 250 МО/кг підшкірно кожні 12 годин, або 100 МО/кг у вигляді внутрішньовенної ін'єкції кожні 4 години.
при регулярних внутрішньовенних ін'єкціях призначають по 5000-10000 МО гепарину кожні 4-6 год; при підшкірному введенні вводять кожні 12 годин по 15000-20000 МО або кожні 8 годин по 8000-10000 МО.